Meskipun Quinella—pontifex Gereja Axiom telah dikalahkan—keadaannya masih belum tenang. Setelah menghubungi dunia nyata, Kazuto "Kirito" Kirigaya mengetahui bahwa Ocean Turtle—mega-float yang dikendalikan oleh Rath—telah digerebek. Karena arus pendek mendadak yang disebabkan oleh para perampok, fluctlight Kirito rusak, membuatnya koma. Merasa tidak aman dengan orang-orang di Gereja Axiom, Alice membawa Kirito yang tidak sadarkan diri kembali ke kampung halaman mereka—Desa Rulid, mengabaikan pengusirannya karena kejahatan yang belum terselesaikan. Sekarang, Alice menjalani kehidupan biasa dan damai di dekat desa, berharap Kirito bangun.
Namun, tragedi terjadi ketika Alice menyadari bahwa Wilayah Kegelapan sudah mulai menyerang Kerajaan Manusia. Mengambil kembali nama samaran sebelumnya, Alice Synthesis Thirty, dia berjanji untuk mengalahkan Wilayah Kegelapan untuk mempertahankan dunia yang Kirito dan Eugeo dengan susah payah lindungi.
