Setelah bergabung dalam perlawanan melawan bakufu, Gintoki dan gengnya bersembunyi, bersama dengan Katsura dan pemberontak Joui-nya. Yorozuya segera didekati oleh Nobume Imai dan dua anggota Kiheitai, yang menjelaskan bahwa bajak laut Harusame telah berbalik melawan Kapten Divisi 7 Kamui dan mantan sekutu mereka Takasugi. Kiheitai memberi Gintoki pekerjaan: menemukan Takasugi, yang hilang sejak kapalnya disergap dalam serangan Harusame. Nobume juga membuat wahyu yang menakjubkan mengenai Tendoushuu, sebuah organisasi rahasia yang mengendalikan banyak faksi, dan pemimpin mereka Utsuro, sosok bayangan yang sangat mirip dengan mantan guru Gintoki.
Menumpang kapal luar angkasa Sakamoto, Yorozuya dan Katsura berangkat ke Rakuyou, planet asal Kagura, tempat berbagai faksi berkumpul dan ketegangan mulai terjadi. Dendam yang sudah lama dipendam, pertikaian politik, dan rencana jahat Tendoushuu akhirnya berujung pada pertempuran besar-besaran yang menentukan di Rakuyou.
