Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir seri sebelumnya, Grisaia no Meikyuu . Kazami Yuuji ditangkap karena dicurigai melakukan terorisme. Sebuah video menunjukkan bukti nyata bahwa Yuuji melakukan tindakan ini, dan dia ditahan oleh Ichigaya.
Ichigaya tahu betul bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan kepadanya. Namun dia gagal membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat dahsyat yang mereka miliki. Faktanya, Ichigaya punya rencana sendiri untuk Yuuji...
Tapi semuanya mungkin tidak akan sia-sia bagi Yuuji. Gadis-gadis di Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji dimanfaatkan untuk keuntungan politik, begitu pula sosok baru misterius yang muncul di hadapan mereka.
